屏北高中依據綜合高中教育目標，學程規劃一年級不分學程，二年級起依興趣、性向、能力，輔導選修學術學程或專門學程，初期規劃學術學程有「自然學程」及「社會學程」，專門學程有「商業」學程及「餐飲」學程，2010年起專門學程取消應用外語學程，並將休閒管理學程分為餐飲服務學程及商業服務學程。